气质联用技术有两种方式：一是从毛细管气相色谱柱中流出的成分可直接引入质谱仪的离子化室，一种是填充柱要经过一个分析分离器降低气压并将载气与样品分子分开。在分子分离器中，从气相色谱来的载气及样品离子经一小孔加速喷射入喷射腔中，具有较大质量的样品分子将在惯性作用下继续直线运动而进入捕捉器中，载气（通常为氦气）由于质量较小扩散速率较快，容易被真空泵抽走，必要时使用多级喷射。
    组分经离子源电离后，位于离子源出口狭缝安装的总离子流检测器检测到离子流信号，经方法记录后成为色谱图。当某组分出现时，总离子流检测器发生触发信号，启动质谱仪开始扫描而获得该组分的质朴图。
    用于与GC联用的质谱仪有磁式、双聚焦、四级滤质器式、离子阱式等质谱仪，其中四级滤质器式和离子阱式有较快的扫描速度，应用较多，离子阱式由于结果简单、价格较低，近些年发展较快。

    便携式GC-MS：便携式GC-MS是以快速、便携、精确、简易为目的设计的以微型气相色谱仪为基础的气质联用仪器，目前市面上主流品牌的便携式GC-MS采用的离子阱质谱仪。