小胶质细胞是中枢神经系统的定居巨噬细胞，负责免疫反应和维持中枢神经系统稳态 (1)。离子钙接头蛋白分子 1 (Iba1)，也称为同种异体移植炎症因子 1 (AIF-1)，在单核细胞系细胞中也表达独特，因此被广泛用作大脑和其他组织中的小胶质细胞/巨噬细胞的标记物（2,3）。跨膜蛋白119 (TMEM119) 是功能未知的细胞表面蛋白，仅由髓系和神经细胞的小胶质细胞亚群表达 (4)。具有分支和变形虫形态的 Iba1+小胶质细胞表达 TMEM119，而 Iba1+巨噬细胞为 TMEM119 阴性 (5)。已证实 TMEM119 和其他稳态基因在疾病相关小胶质细胞 (DAM) 中下调 (6)。分化抗原簇分子 11b (CD11b)/整合素 α m (ITGAM) 是一种跨膜蛋白。CD11b 在骨髓系细胞中表达，通常用作骨髓系细胞的一个标记物，如中性粒细胞、单核细胞、巨噬细胞和小胶质细胞 (7)。F4/80 (EMR1) 是一种高度糖基化的 G 蛋白偶联受体，并且是一种用于小鼠巨噬细胞的确定标记物 (8-10)。在小胶质细胞和树突细胞亚群中观察到 F4/80 表达 (11)。蛋白磷酸酶 (PTP) 受体 CD45 是在所有有核造血细胞中表达的 I 型跨膜蛋白 (12)。研究表明 CD45 在调节小胶质细胞活化中起作用 (13,14)。CD68 （巨噬唾液酸蛋白）是由单核细胞和巨噬细胞表达并且常用作其标志物的重度糖基化的跨膜蛋白 (15,16)。它定位于溶酶体膜并在小胶质细胞活化过程中被上调 (17,18)。Ki-67 是一种胞核非组蛋白蛋白 (19)，它在增殖细胞中普遍表达，但在休眠细胞中缺失 (20)。以往使用 RNA-seq 发现特定脑细胞类型的标记物的研究表明，HS1 和 ASC/TMS1 有用且是研究小胶质细胞的专门工具 (21)。HS1 是一种仅在造血源性组织和细胞中表达的蛋白激酶底物 (22)，并且 ASC/TMS1 被发现是一种关键的炎症信号转导组分，并在出现促炎信号后结合并激活 caspase-1 (23)。