酶标仪所用的单色光既可通过相干滤光片来获得，也可用分光光度计相同的单色器来得到。在使用滤光片作滤波装置时与普通比色计一样，滤光片即可放在微孔板的前面，也可放在微孔板的后面，其效果是相同的。光源灯发出的光经聚光镜，光栏后到达反射镜，经反射镜作90°反射后垂直通过比色溶液,然后再经滤光片送到光电管。

其基本工作原理与主要结构和光电比色计基本相同。光源灯发出的光波经过滤光片或单色器变成一束单色光，进入塑料微孔极中的待测标本。该单色光一部分被标本吸收，另一部分则透过标本照射到光电检测器上，光电检测器将这一待测标本不同而强弱不同的光信号转换成相应的电信号。

电信号经前置放大，对数放大，模数转换等信号处理后送入微处理器进行数据处理和计算，*后由显示器和打印机显示结果。微处理机还通过控制电路控制机械驱动机构X方向和Y方向的运动来移动微孔板，从而实现自动进样检测过程。而另一些酶标仪则是采用手工移动微孔板进行检测，因此省去了X,Y酶标仪方向的机械驱动机构和控制电路，从而使仪器更小巧，结构也更简单。微孔板是一种经事先包理专用于放置待测样本的透明塑料板，板上有多排大小均匀一致的小孔，孔内都包埋着相应的抗原或抗体，微孔板上每个小孔可盛放零点几毫升的溶液。

酶标仪的工作环境：

良好的工作环境不仅能确保其准确性和稳定性，还能够延长其使用寿命。根据DINVDE0871条例，仪器应放置在无磁场和干扰电压的位置。依据DIN45635－19条例：仪器应放置在低于40分贝的环境下。为延缓光学部件的老化，应避免阳光直射。操作时环境温度应在15℃－40℃之间，环境湿度在15%－85%之间。操作电压应保持稳定，操作环境空气清洁，避免水汽，烟尘，保持干燥、干净、水平的工作台面，以及足够的操作空间。