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原核表达实验过程中常见的问题
2023.08.02   点击410次

  原核表达是指利用基因克隆技术,通过构建到表达载体将外源目的基因转化至宿主细胞中,使其在原核生物体内稳定表达,从而获得大量目的蛋白的方法。通过查阅相关文献资料,本文汇总了原核表达实验过程中常见的问题,分析了可能存在的原因以及解决办法。


问题一:出现短截蛋白/无蛋白表达。

答:1.蛋白被水解了;2.大肠杆菌的密码子偏爱性使得翻译起始位点出现了错误;3.基因本身存在着特殊结构

可以通过:1.使用两端都带有融合标签的载体,这样可以在洗脱时将全长蛋白和截断蛋白区分开来;2.密码子进行优化3.使用稀有密码子的菌株Rosetta 2, Rosetta-gami 2, Rosetta-gami B, RosettaBlue

 

问题二:出现包涵体。

答:二硫键形成困难/基因表达过快,表达量过高。

可以通过可以通过控制优化表达水平;降温;IPTG浓度优化等方法解决。

 

问题三:蛋白无活性。

答:可能原因为蛋白发生了错误折叠。

解决方法同问题二。

 

问题四:细胞死亡,生长极困难。

答:可能原因为目的蛋白为毒性蛋白,对宿主细胞产生了影响。

可以通过1.更为严格的本底表达控制2.可以尝试使用PlysS菌株

 

问题五:通过His标签纯化的蛋白杂带较多,该如何改进

可以通过1.如果纯化的是上清,可能是蛋白酶部分降解目的蛋白,可通过加多种蛋白酶抑制剂改进。

2.可提高杂蛋白与镍柱结合起始咪唑浓度,以降低杂蛋白与镍柱的亲和力。

3.杂蛋白和目的蛋白结合,可通过超声前加入去垢剂的方式消1%-2%Tritonx-100)。

 

问题六:镍株使用过程中出现棕色怎么办?

答:出现这样的情况,主要是缓冲液中 DTT 二硫苏糖醇的影响,DTT 会对镍柱的颜色和纯化效率有很大的影响,所以所有镍柱的生产商都强调要尽量避免 DTT 的参与(一般的镍柱耐受小于 5 mM DTT,推荐缓冲液中不要超 2 mM DTT)。

 

问题七:镍株堵住了怎么办

答:1. 柱子发生堵塞,可能是样品中细胞碎片或其他杂颗粒所致,所以样品一定要高速离心。

2. 上清纯化时,蛋白发生变性,有絮状物产生,赶紧加入1-2 mM DTT (上清样品处理要在冰浴中进行),还不行加尿素变性,使其在变环境下。

3. 样品处理时的料液比不要太小,否则黏度大,或者导致蛋白析出或变性,料液比要在 1/10-1/15 之间较适宜。

 

问题八:蛋白纯化过程中出现浑浊怎么办

答:1. 出现浑浊,说明蛋白处在不稳定的环境中或者自身就不稳定,所以要检查缓冲体系是否正确,环境温,或在缓冲液中加入还原剂 DTT

2. 加入肌氨酸钠,迅速使蛋白变性,消除浑浊现象。

 

问题九:未能洗脱到带His标签的蛋白是什么原因

1. 超声的功率不对(太大,蛋白炭化,太小,蛋白没有释放);

2. 样品或者是结合缓冲液不正确;

3. 组氨酸的标签没有完全的暴露

4. His 标签丢失

可以通过:1. 改变超声功率,并在超声前加入溶菌酶

2. 检测 pH 及样品和结合缓冲液的组成份(EDTA

3. 在变性条件下(用 8M 脲,6M 盐酸胍,1%SDS) 并加入 1-2mMDTT 进行纯化

4. WB 或者 anti-his 的抗体检查 His 是否表达,上游构建,改变 his-tag 的位,必要时增加 his 个数(常用 6-10 个)

5. 孵育的时间不够,降低流速和增加孵育的时间;

6. 改变螯合的金属离子,寻找到最佳的结合金属离子。

 

问题十:蛋白在柱子上洗脱不下来怎么办

答:1)洗脱条件太温和

策略:增加咪唑的梯度洗脱或降低pH

(2)降低PH 的方法洗脱的,因为若PH 低于3.5,会导致镍离子脱落

策略:改变洗脱办法,咪唑竞争性洗脱。

(3)蛋白已沉淀在柱上

策略:减少上样量和孵育的时间,试用去污(1%-2% Tritonx-100)或改变NaCl 的浓度,或在变性条件下洗脱(用8M 脲,或6M 盐酸胍),最终也可在洗脱Buffer 中加入2mM DTT 或者0.5%肌氨酸钠进行洗脱。

(4)非特异性疏水或其他相互反应

策略:加非离子去污剂到洗脱缓冲液(如,2%Triton X-100)或增加NaCl 的浓度。

问题十一:如何处理样品可使其初步提纯

答:1)上清样品处理,要加入去污剂,蛋白酶抑制剂,还原剂,还要注意温度及超声破碎的参数。

2)去大肠杆菌自身带(两条30 Kd-40 Kd)可用非变性缓冲液超声悬浮(加入去垢剂),离心6000 r/min30min10℃。(若效果不够可继续上述步骤)。

3)大肠杆菌包涵体的洗涤,可用包涵体洗液多洗几遍,也可用1M/2M/4M/8M 尿素逐步溶解,可选取其中纯度最佳的。

4)可用硫酸铵沉淀法,初步提纯。

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