QuantSeq Kit 是一个文库制备试剂盒,由它构建的文库可以用于Illumina和总RNA的起始量低至100 pg(对于Illumina平台)和5ng( 对于Ion Torrent平台)。QuantSeq适用于反复构建低质量的RNA文库,包括FFPE样品。
Rapid Turnaround
简单的工作流程可以将文库制备时间控制在4.5小时以内,而这已经包括了手工操作时间。除去手工操作时间,工作流程不超过2小时。
高度链特异性
QuantSeq保持了链特异性>99.9%,并且可以map到基因组上相应的序列上,从而发现和定量反义转录本和融合基因。
Mapping of TES
QuantSeq可以准确查找到RNA3'端的poly(A) ,因此可以得到关于3'UTR的精确信息。
Perfect For Gene Counting
每个转录本只产生一个片段;因此没有必要做长度的均一化。这样可以更精确地确定基因的表达量,并且在基因表达和eQTL研究中QuantSeq成为芯片和常规RNA-Seq的最佳替代品。
Cost Saving Multiplexing
QuantSeq文库用于多重文库的构建。对于 Illumina 的QuantSeq3' mRNA-Seq 文库制备试剂盒中的barcodes允许在 Illumina flow cell每条通道上测序的样本多达96个。对于Ion Torrent的QuantSeq3' mRNA-Seq文库制备试剂盒中的barcodes允许在Ion Torrent仪器上多达48个样本一起进行测序。如此高的混样程度可以节约成本如同QuantSeq特定长度节省测序空间一样。QuantSeq所设计生产的插入片段大小适用于短测序服务(SR50,SR100)。
有关barcodes和说明如何使用它们的详细信息,请参考附录D:混样,QuantSeq for Ion Torrent用户指南(第23页)和附录E:Multiplexing, QuantSeq for Illumina User Guide(第25页)。
简单的生物信息学分析
序列匹配是简单的,它通过跳过交叉点检来实现。测序操作是在转录本的最3'端几乎没有结点的位置产生。数据处理也可以加速使用,例如Bowtie2代替TopHat2。
Ion Torrent平台,文库所测的序列靠近Poly(A)RNA的3'端。
该盒子有两种版本。第×个版本的NGS测定的序列是靠近 poly(A) 尾生成,直接反映了mRNA序列。同时提供了Illumina和 Ion Torrent 两个平台的版本。QuantSeq Reverse(REV)仅适用于Illumina平台。使用这个盒子,在NGS从poly(A)尾开始读取Read 1时可以精确的查找到3'端(3'UTR)。然而,为了实现多个文库同时测序,测序引物需要被Custom Sequencing Primer(CSP,包括在试剂盒内)所替换。读取的Read 1可以反映cDNA序列。